Ha sido observado que esta confrontación no fue un simple conflicto entre la ciencia y la religión, como generalmente ha sido presentado, sino que más bien fue una súbita e inesperada colisión entre la ciencia copernicana y la ciencia aristotélica que había sido asimilada en la tradición de la iglesia. Galileo expresaba sus puntos de vista científicos que respaldaban a Copérnico, así como sus puntos de vista bíblicos en la carta de 1615 a la Gran Duquesa de Toscana, que fue la base de su primer juicio y censura por parte de la iglesia. Su segundo trabajo en esta misma línea, publicado en 1632, le trajo como resultado la condena por sospecha de herejía y un arresto domiciliario de por vida.

 El filósofo griego Aristóteles (384-322 a. C.) creía que el universo era finito y esférico con una tierra estacionaria en su centro, y que, conteniendo todo el universo, estaba la esfera del Movimiento Primigenio activada por el Primer Movilizador Inamovible (Primer Motor Inmóvil). Según su creencia, en el interior estaban esferas transparentes que contenían las estrellas, los planetas, la luna y el sol fijos e inmutables. Esta es la que se conoce como teoría ptolemaica.

 Nicolás Copérnico (1473-1543 d. C.) fue un científico renacentista educado en los clásicos, el Derecho, la teología, las matemáticas, la metafísica, los idiomas y la astronomía. Copérnico desarrolló una cosmología con el sol en el centro, la Tierra girando alrededor de un eje polar y, junto al resto de planetas, girando en torno al sol, esencialmente como se conoce y acepta en la actualidad, y que es conocida como teoría copernicana, la cual defendía Galileo.

 Galileo Galilei (1564-1642 d. C.) recibió una amplia educación renacentista. Hasta 1610, cuando construyó su primer telescopio a los 46 años, se había centrado principalmente en la física, no en la astronomía. Con su adquirido aparato hizo descubrimientos que sacudieron los cimientos del cosmos aristotélico. Observó las elevaciones, valles y otras características que indican cambios en la luna, así como también la moción de cuatro de las lunas de Júpiter, ahora conocidas como las lunas galileas. Con esto, los científicos ya no podían decir que los cuerpos celestes giran exclusivamente alrededor de la Tierra. También observó las fases de Venus, cuya única explicación es que dicho planeta se mueve alrededor del sol y no de la tierra.

 Esto fue el trasfondo de la carta que Galileo escribió a la Gran Duquesa de Toscana, presentando sus puntos de vista «Acerca del Uso de Citas Bíblicas en Asuntos de la Ciencia». El Tribunal del Santo Oficio de la Iglesia Católica usó esa carta contra él en su primer juicio en 1616, ordenándole que renunciara al copernicanismo y se abstuviera por completo de enseñar o defender dicha opinión y doctrina, e incluso que se abstuviera de discutirla.

 En la carta a la Gran Duquesa, Galileo usa la terminología del análisis posterior para explicarle que su defensa de la teoría copernicana se basa en argumentos particulares que refutan la posición ptolemaica. Estos argumentos se extraen de «efectos naturales cuyas causas tal vez no podrían ser designadas». Agrega que estos, junto con otros datos astronómicos determinados por muchos y nuevos descubrimientos celestes, «refutan abiertamente el sistema ptolemaico y están maravillosamente de acuerdo con la otra posición y lo confirman».

 En 1632, Galileo completó su «Diálogo sobre los dos máximos sistemas del mundo», cuya publicación culminaba un esfuerzo de doce años, presentando todos los argumentos a favor y en contra de los dos grandes sistemas, el copernicano (heliocéntrico) y el aristotélico o ptolemaico (geocéntrico).

 La curia romana prohibió rápidamente y confiscó el trabajo monumental de Galileo, y se convirtió en la base de su segundo juicio, censura y arresto domiciliario de por vida por parte del Tribunal del Santo Oficio de la Inquisición en 1633. La Iglesia Católica Romana le condenó de romper su acuerdo de 1616 y de enseñar la teoría copernicana como una verdad y no como una hipótesis. Le consideraron sospechoso de tener opiniones heréticas condenadas por la Iglesia, y le ordenaron que abjurara. De los diez cardenales que presidieron, siete firmaron su condena.

 El tribunal en la condena de Galileo, establece: «La proposición de que el sol es el centro del mundo y no se mueve de su lugar es filosóficamente absurda y falsa, y formalmente herética, porque es expresamente contraria a las Sagradas Escrituras. La proposición de que la Tierra no es el centro del mundo e inamovible, sino que se mueve, y también con un movimiento diurno, es igualmente absurda y falsa filosóficamente y teológicamente considerado, al menos, erróneo en la fe».

 Con el paso del tiempo, y a medida que nuevas observaciones fueron hechas, la evidencia creció en apoyo de la visión copernicana. El liderazgo de la Iglesia Católica Romana se proyectó como una caterva de imbéciles, abriendo una enorme brecha entre la ciencia y la religión que se ha ido ampliando cada vez más hasta el día de hoy.

 En palabras del autor católico George Sim Johnston, quien se ha esforzado mucho en aminorar la impresión de la existencia de un conflicto entre la religión y la ciencia, «En la mente popular, el asunto de Galileo es una evidencia prima facie de que la búsqueda libre de la verdad se hizo posible solo después de que la ciencia se liberó de los grilletes teológicos de la Edad Media … el caso Galileo es uno de los mazos históricos que se usan para vapulear a la Iglesia; los otros dos son: las Cruzadas y la Inquisición española».

 Como la confrontación de las teorías no es posible sin la participación de defensores y detractores humanos, está claro que el conflicto que generó la curia romana para condenar a Galileo Galilei, fue ciertamente un choque entre la ciencia y la religión cristiana, porque la Iglesia defendió una teoría ya desacreditada para proteger sus intereses particulares, no importándole atropellar los derechos de un filósofo brillante y condescendiente.